한국 재래돼지가 다른 외국 돼지 품종과 비교해 볼 때, 유전적으로 확연히 다른 것으로 밝혀졌다. 

농촌진흥청(청장 이양호)은 한국재래돼지 10마리(축진참돈 6마리, 제주흑돼지 4마리), 한국멧돼지 10마리, 두록 6마리, 랜드레이스 14마리, 요크셔 15마리 등, 총 5품종 55마리의 유전체를 해독하여 정밀 비교 분석했다.

각 개체별 전체 DNA 염기서열 정보를 비교·분석한 결과, 육질형질과 관련된 TTYH32) 유전자를 포함, 한국재래돼지가 다른 돼지 품종과 기능적 차이를 나타낼 수 있는 26개 변이를 발견했다.

특히, 한국재래돼지만의 TTYH3 유전자 기능 차이는 한국재래돼지의 상대적으로 낮은 물퇘지3) 출현 빈도와 관련 있을 것으로 추정된다.

가축은 인간이 원하는 방향으로 선발과 교배를 통해 수천 년간 개량돼 왔다. 이 과정에서 품종 고유의 유전자들이 고정되는 바, 이 연구에서는 한국재래돼지에서 1,219개의 고정된 염색체 영역을 발견해 이를 분석했다. 그 중 특히, 지방세포 분화와 에너지 대사에 관여하는 TWIST1, PRKAB14) 유전자가 다른 품종에 비해 특이적으로 고정된 것을 확인했다. 이는 한국재래돼지가 근내지방이 높고, 다즙성과 연도 면에서 육질이 좋은 증거로 볼 수 있다.  

또한, 외래품종인 두록과 랜드레이스, 요크셔에서는 타 품종과 다른 고정 영역이 각각 656개, 759개, 904개 존재했다. 돼지 품종 중 새끼를 가장 많이 낳는 요크셔와 랜드레이스 품종에서는 공통적으로 태아착상에 관여하는 CLDN15) 유전자가 개량 과정에서 고정돼 있었다.

한국재래돼지는 국제연합식량농업기구(UN/FAO)에 등록된 우리나라 고유 유전자원으로서, 질병에 강하고 육질이 좋으며 고기색이 붉어 우리나라 사람들이 선호한다.

반면에 성장속도가 느리고 태어나는 새끼 수(산자 수)가 적고 사료 효율이 낮아 양돈 농가에서 그동안 활발히 사용하지 못했다. 이번 연구에서는 외래 품종과 다른 한국재래돼지만의 우수한 육질 특성을 과학적으로 입증했다는 점에 의의가 있다. 

나아가 재래돼지에서 육질을 좋게 하는 TTYH3, TWIST1, PRKAB1 유전자 등을 활용한 분자육종기술을 확립하는 기반을 마련했다.

농촌진흥청 국립축산과학원 이상재 축산생명환경부장은 “한국재래돼지의 우수한 육질 형질과 외래 돼지 품종의 뛰어난 육량 형질의 유전적 특징을 우수한 국산 씨돼지의 개발과 개량에 적극 활용할 계획이다” 라며, “유전체 정보로부터 분자마커를 활용할 경우, 품종 개량에 소요되는 시간도 단축할 수 있을 것으로 기대된다” 라고 말했다. 

한편, 이번 연구는 한국생명공학연구원 김남신 박사팀과 함께 진행했으며, 유전체 연구 분야에서 국제적으로 저명한 학술지 ‘DNA 연구’ 6월 온라인 판에 실렸다.