정부는 가축방역심의회 심의 결과를 바탕으로 관계 부처 협의를 거쳐 2월 9일 위기 경보 단계를 “경계” 단계에서  “심각” 단계로 격상하였다.

심각 단계로 격상은 ①구제역이 여러 시도(경기, 충북, 전북) 에 걸쳐 발생, ②기존 발생 유형(O형)이 아닌 A형 구제역이 국내 발생 ③소에 대한 항체형성률이 낮아 질병 발생 및 확산 위험도 증가, ④겨울철 소독여건 악화 등을 고려하여 결정하였다.

정부는 국민안전처에 설치 운영 중인 AI대책 지원본부를 9일부터 구제역·AI대책 지원본부로 개편하고, 선제적인 방역을 실시하기로 하였다.

구제역 최초 발생 이후, 선제적 대응을 위해, 이미 농식품부에서 설치 운영 중인 “구제역·AI 중앙사고수습본부”는 이전과 같이 유지되며, 본부장은 농림축산식품부 장관이 맡고 상황실장은 차관으로, 국민안전처, 행정자치부, 국방부, 환경부, 보건복지부(질병관리본부), 식품의약품안전처 등 관계 부처에서 현재와 같이 과장급이 파견되어 근무한다.

지자체에서는 발생 시도에서 운영 중인 구제역 방역대책 본부를 구제역 ‘’심각단계‘’ 격상으로 기 설치 운영 중인 AI 지역 재난안전 대책본부와 통합하여 구제역?AI 지역 재난안전 대책본부로 운영한다.

“구제역·AI 지역 재난안전 대책본부”는 관내 유관기관과 통합적으로 대응할 수 있어 현장 방역 체계가 강화되고, 시·도 대책본부는 관내 발생상황 분석, 발생에 따른 긴급방역조치, 방역수칙 홍보 등을 총괄하고 지원하며, 시·군·구 대책본부에서는 살처분, 매몰, 이동통제, 소독, 예찰 등 현장 방역을 강화하여 추진한다.

위기 경보 단계를 심각 단계로 격상함에 따라 정부는 다음과 같이 최고 수준의 방역조치를 실시한다. 
전국의 모든 시군 간, 시도 간 거점소독장소를 설치, 주요 도로에 설치된 통제 초소가 전국의 주요 도로로 확대되고 인력과 장비도 지원된다.

발생 시·도에 정부 합동지원반의 파견과 축산 관련 단체장 선거 연기 등 방역 상 필요한 조치를 취할 수 있다.
전국 축산농가(우제류 관련) 모임 금지 등의 조치를 실시할 수 있다. 다만, 기존 경계단계에서도 이미 심각 단계 준하여 이러한 방역조치를 취해 오고 있다.

강화된 방역조치가 실효성이 있도록 관계부처 합동으로 현장 방역 점검과 지도를 강화하는 한편, 중앙 정부 차원의 지원을 지속해 나갈 것이다.

전국 우제류 가축 시장을 2월9일부터 2월18일까지 일시 폐쇄하며, 동 기간 동안 농장 간의 생축 이동도 금지하게 된다. 관련 종사자들도 농장 출입을 최소화하고, 부득이 방문하는 경우에는 농장의 출입을 전·후하여 1회용 방역복 착용과 소독 등 개인 방역을 철저히 하여야 한다.

또한, 이번 가축방역심의회에서는 위의 방안 외 경기도 연천 구제역 발생에 따른 특별방역 관리 강화 방안도 심의되었다.
 ① 경기도 우제류 가축의 타시도 반출을 2월 9일 18시∼2월 15일 24시까지 7일간 금지한다.
 ② 전국 우제류 농장 전화예찰도 확대하여 실시하며, 축산차량 일제소독의 날을 2회(2.10, 2.15일) 운영할 계획이다.
 ③ 발생 농장 내의 우제류는 양성으로 확진되는 시점으로부터 24시간 이내 살처분과 폐기가 이루어지도록 한다.

구제역·AI 중앙사고수습본부장인 농림축산식품부 장관은 구제역의 확산을 차단하기 위해서는 국민 여러분들의 협조를 당부하였다. 차량소독과 이동통제는 구제역 확산을 방지하기 위해 불가피한 조치이므로, 다소 불편하더라도, 우제류 농장, 축산관련 시설의 방문과 출입을 자제할 것을 특히 강조하였다.